
拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康酸性反应淡化蛋清组学产品,实现1000+玄妙度呈现位点排除,比较稳定重演径典靶点,全八卦方位生信研究解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“得知”到“手机验证”全步骤贴心服务,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。
PART 1
01、实践方案
02、亲测的数据
03、经“点”显现
在试验数据资料中,验出多家参考文献中有关资料的原素靶点基本衣康酸装饰位点,如一、个被出现的衣康酸共价装饰淀粉酶KEAP1,仍有糖酵解信号通路中的3个重点酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,及及炎性小体成分淀粉酶NLRP3和受损细胞萎缩操作过程中的重点淀粉酶RIPK3等,其质谱图方式图图示。
04、服务特质
1.多种质控
工业化特喜欢的人测试器孵育、SDS-PAGE测试、WB手机验证、样板相关联性研究分析等供需双东南方向测试,切实保障好项目结杲准确性。2.高耐热性质谱仪器设备品台
在Orbitrap Astral全第一代人高辨别好坏质谱仪加持咒下,实现了衣康过酸装饰位点及核蛋白评定新宽度,推助科学学探析新发掘。3.全方案站台式功能
对于拜谱生物工程建全的实验室软件,可带来了“细胞系锻炼→测试探针孵育→WB加测→玄之又玄度衣康过酸掩盖加测→个性化生信剖析→独特位点PRM检验”全步骤精准服务,省时省劲、方便更贴心。05、数据分析玩法(的部分)
06、技术应用方位
PART 2、文章分享到
文献资料一
国外英文文章标题:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)
中文翻译大标题:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析
钻研游戏内容:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。
(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)
专著二
因为副标题:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)
常常副标题:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性
探究玩法:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。
(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)
PART 3、范例发展方法
蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13兼有较差的底物紧密结合程度,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。
S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。
(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)
值得一提的是,在拜谱生物体衣康过酸遮盖组亲测的数据中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康酸性反应掩盖(下面的图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。
PART 4、拜谱工作小结
当做TCA间歇中的之間排泄物,衣康酸设定排泄、免疫性细胞系统和感染之間的彼此做用,为医治免疫性细胞系统感染性急病提供数据了了代用医治措施。衣康酸成分中的亲电性α,β-不过饱和羧酸成分能对蛋清质上的特异性半胱氨酸残基通过烷基化呈现(迈克尔暴伤发生反应),某些翻译资料后呈现被喻为“衣康酸呈现(itaconation)”,因而干扰蛋清质实用功能,控制免疫性细胞系统回话和排泄前提条件,为各种急病口服药物技术创新提供数据了新设想。拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康硝化作用淡化蛋清组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物分子生物学或然一定量靶向疗法分泌组(QMT1000)或势能分泌靶向治疗分泌组产品设备对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!
关联性医学文献
1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.