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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显视出大量的动物可溶性，包涵抗癌肿和抗病力毒效应。大部分，三萜是采用甲羟戊酸条件组成的，并从大自然绿植的和细菌中分离出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上撤稿了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的学习文献资料。该学习找到三萜类单质虫草酸（GA）是能够液滴训练的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物技巧转化成引发的。确认转录组和血清质组学技巧进几步科学探索无柄虫草菌丝体中DHT引发两类虫草酸（GA）的策略，并只能根据多个学技巧检查测量到的地域差别基因组和地域差别血清，预测出DHT 怪物技巧镶嵌 GA 的路径。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和技能分为

可以通过对无柄野生灵芝真菌孢子菌丝体实施转录组测序共赢得67230个转录本和14296个单染色体组组。在此类单染色体组组中，49俩被亲子鉴定为差异性表示方法染色体组组（DEGs），另外213个表示方法调涨，279个表示方法上涨（图1A）。GO生物学丰度分折后，DEGs分类生物学工作（BP）、上皮人体细胞因素（CC）和原子功用（MF）3类。在BP专业种类中，展现了前两个子专业种类：四环素细化产生工作，乙酸盐产生工作和甲酸盐产生工作;而在CC专业种类中，上皮人体细胞外区、突触塑料体、突触结构的是前两个亚类。我们对MF专业种类，甲酸脱氢酶（NAD）催化灵可溶性、被氧化重置酶催化灵可溶性和酸氨（或酰胺）链接酶催化灵可溶性是前两个亚专业种类（图1B）。在DEGs的KEGG环路分折中，前30条生物学丰度度最好的环路含有27条归于产生，另外二氧化氮产生、乙醛酸盐和二羧酸盐产生、丙酸盐产生移动信号环路不错生物学丰度（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和模块分类管理

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

依据对无柄灵芝粉细菌菌丝体实现血清酶质组学概述，共有确实了16,457种独家肽、2606种血清酶质和2588种酶联免疫法血清酶质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的建立状况下，在这里2606种血清酶质中，94种被鉴定结论为区别传达血清酶（DEPs），之中52种调整，42种降低（图2A），图2C呈现了区别传达血清酶的聚类了解概述热图。从GO概述来瞧，BP品类呈现，几乎数DEPs积极参与乙酸盐分泌期间、抗菌素拆分分泌期间和口服药物拆分分泌期间。CC类DEPs在受损神经肿瘤细胞核外区、过防铁的氧化的物酶体和微体中的身材比例为更高的人，防氧化的完美重现酶吸附性和甲酸脱氢酶（NAD）吸附性在MF类中DEPs的身材比例更高的人（图2B）。与转录组最终结果类同，KEGG手机信号环路概述呈现，多个DEPs在分泌中聚集，之中3条最聚集的经由是光合生物学制品中的碳放置、碳分泌和MAPK手机信号手机信号环路（图2D）。再者，依据概述GO数据报告库的CC对DEPs实现亚受损神经肿瘤细胞核所在位置定位概述和批注（图2E），DEPs重要生长在受损神经肿瘤细胞核质（40.66%）、受损神经肿瘤细胞核膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），原理上是GAs生物学制品生成的重要所在位置。

图2|核蛋白组的化学发光法研究和模块印证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

养家糊口物转为和对比组获选DEGs和DEPs设计制作了维恩图，有20个的差异形容方式表观遗传（图3A）。对转录组和球核苷酸组中E组和C组通用的DEGs/DEPs使用聚类算法解析，察觉mRNA和球核苷酸中间有16个上浮表观遗传和6个再降表观遗传，DEGs与它翻泽的DEPs形容方式的水平呈正涉及到，为Pearson的涉及到指数公式解析，在转录组和球核苷酸组中间加测到对于较高的涉及到性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）查测报告彰显，E组和C组17个DEGs的体现程度不完全一致性不错，当中9个为调涨DEGs，俩为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的体现的趋势与转录多组分析报告完全一致。

图3|淀粉酶质组的降钙素原检测探讨和系统核实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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